Fósiles, rocas y minerales son las herramientas prácticas que proporciona la naturaleza para que el hombre se acerque al conocimiento del cosmos. Es esta la premisa que define al museo de geología y paleontología; en el se encuentran muestras fósiles de todo el país. Entre otros fósiles se encuentran el colmillo de un mastodonte de más de veintisiete mil años hallado en la región de Pubenza (Girardot), una cabeza de un Ictiosaurio de má¡s de ciento veinte millones de años encontrado en Villa de Leyva (Boyacá¡), un centenar de fósiles entre los que se pueden contar las trigonias con más de ciento sesenta y cinco millones de años. Además de las muestras fósiles se pueden observar fotos de diferentes salidas arqueológicas y mapas geológicos de Colombia. El recorrido al museo se compone por un video de introducción al campo de la geología, seguido por el recorrido dentro del recinto. Como alguien declaró en una oportunidad, los fósiles son como hojas de libros que nos cuentan la evolución del planeta.

El museo de morfología de la Universidad existe hace más de 30 años. Está ubicado en la Facultad de Salud en la sede de San Fernando, en el 1er piso del edificio Luis María Borrero. La colección de este museo tiene partes del cuerpo humano (tórax, sistema digestivo, respiratorio entre otros), con cortes que muestran las diferentes superposiciones de los tejidos que lo conforman. Estos tejidos se pueden apreciar perfectamente, ya que las partes que están exhibidas son de cuerpos reales conservados en líquidos que impiden su descomposición. Estas partes son de personas que fallecen y que no son reclamadas, por lo tanto después de un tiempo prudencial, son llevados a las universidades y museos para objeto de estudio.

El museo de Zoología está ubicado en el Departamento de Biología, en el 3er piso del edificio de ciencias de la Universidad en Meléndez. Este museo está dividido en tres colecciones: ornitología (aves), mamíferos, y anfibios y reptiles. Cada colección está bajo el cuidado de un profesor especializado en la materia. Los especímenes que hacen parte de las colecciones pertenecen en su mayoría al suroccidente colombiano y han sido colectados a lo largo de más de cuarenta años, desde la fundación del museo por el Dr. José Ignacio Borrero. El principal objetivo de este museo es el de documentar la fauna en determinadas zonas y ofrecer información específica sobre cada especie. Esta sirve para establecer los índices de población, las especies que están en vía de extinción y las zonas donde se encuentran, así­ como su régimen alimenticio.